Panjang setiap episod Fly With Yaya adalah antara 3-4 minit, dan selalunya tertumpu pada satu aspek kehidupan seharian atau budaya negara yang dilawat oleh Yaya. Contohnya, episod pertama memaparkan Lintasan Shibuya yang terkenal di Jepun, manakala episod kedua menerangkan langkah-langkah dalam tradisi upacara minum teh Jepun.

Setiap episod biasanya didahului dengan pembayang atau klu kepada destinasi seterusnya di laman media sosial Yaya atau BoBoiBoy, dan diiringi pula dengan foto dan trivia tempatan.